Fils d’Henri II et de Catherine de Médicis, Charles IX n’a que dix ans lorsqu’il succède à son frère François II en décembre 1560. Sa mère Catherine de Médicis assure la régence et tente de maintenir un équilibre fragile entre catholiques et protestants. L’édit de Saint-Germain de janvier 1562, qui accorde une relative tolérance aux huguenots, provoque la fureur du parti catholique. Le massacre de Wassy perpétré par le duc de Guise le 1er mars 1562 déclenche la première guerre de Religion, ouvrant un cycle de violence qui va durer plus de trois décennies.

Déclaré majeur en 1563, Charles IX reste largement sous l’influence de sa mère, qui multiplie les tentatives de conciliation. La paix de Saint-Germain-en-Laye en 1570 semble apaiser les tensions et le roi se rapproche de l’amiral de Coligny, chef du parti protestant, dont il apprécie les conseils. Mais cette entente inquiète Catherine de Médicis et le parti catholique. Le mariage de la soeur du roi, Marguerite de Valois, avec le protestant Henri de Navarre, célébré le 18 août 1572, rassemble à Paris l’élite huguenote. Après un attentat manqué contre Coligny, la décision est prise d’éliminer les chefs protestants : dans la nuit du 24 août 1572, le massacre de la Saint-Barthélemy fait des milliers de morts à Paris, puis s’étend aux provinces.

Charles IX, rongé par le remords selon certains contemporains, voit sa santé décliner rapidement après le massacre. Les guerres de Religion reprennent de plus belle, tandis que son frère Henri, duc d’Anjou, est élu roi de Pologne en 1573. Charles IX meurt le 30 mai 1574 à Vincennes, à l’âge de vingt-trois ans, probablement d’une pleurésie tuberculeuse. Son règne reste indissociablement lié au traumatisme de la Saint-Barthélemy, événement qui a profondément marqué la conscience collective française et alimenté les guerres civiles pour des années encore.